Laboratuvar ismi: İTÜ Biyomoleküler Mühendislik Laboratuvarı
Laboratuvar Sorumlusu: Doç. Dr. Mert Gür
Laboratuvar Web Sitesi: https://gurlab.itu.edu.tr/anasayfa
Laboratuar Çalışma Alanları:
Laboratuvarımız; tıp, biyoloji ve mühendisliğin ara yüzünde bulunan problemlerin çözümünde, hesaplamalı modellemenin ve istatistiksel termodinamiğin uygulanmasında uzmanlaşmıştır.
Temel araştırma alanları:
Biyomoleküler Makinalar ve Motorlar
Nanomakinalar
Dinein, kinezin, mikrotübül ve mikrotübül ile ilişkili proteinler
Behçet Hastalığı
SARS-CoV-2 Spike Proteini
İstatistiksel Mekanik ve Termodinamik
Moleküler Dinamik Simülasyonları
Gıda Kurutma
Peptit Tipi İlaç Tasarımı
Protein Mühendisliği
Laboratuvarda Yapılmış veya Yapılmakta Olan Önemli Projeler:
16. Silyer Vuruş Sırasında Dineinlerin Kendi Kendine Koordinasyonu
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: TÜBİTAK, 2501-ABD Ulusal Bilim Vakfı (NSF) ile İkili İşbirliği Programı
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2022-2025 (Kabul edildi, başlayacak.)
15. Dineinin mikrotübüle bağlanmasının ve güç strokunun moleküler ölçekte modellenmesi.
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2022-2025 (Kabul edildi, başlayacak.)
14. Modeling the Regulation of Motors by Microtubule-Associated Proteins.
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: High Performance Computing Consortium, PRACE (Avrupa Birliği)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2022-2023
13. Identification and Reengineering of Effective Nanobodies Against SARS-CoV-2 Omicron Variant
Proje Görevi: Yürütücü (Co-PI)
Destekleyen Kurum: COVID-19 High Performance Computing Consortium (USA)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2021- 2022
12. The Mechanism and Energetics of Dynein’s Powerstroke (EnDy)
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: DECI-17 (Distributed European Computing Initiative), PRACE-Partnership for Advanced Computing in Europe (European Union)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2021 – 2022
11. Sitoplazmik Dinein Motor Proteininin Mekanokimyasal Çevriminin Mekanizmasının Modellenmesi
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: İstanbul Teknik Üniversitesi BAP
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2021 – 2022
10. Hücre Penetran Peptitlerden Türetilmiş Behçet Hastalığına Yönelik İlaç Adaylarının Tasarlanması
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: TÜBİTAK
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2020 – 2023
9. Kolon ve Meme Kanserlerinde Erken Uyarı Sistemi Oluşturulması ve Kişisel Sağlık Sistemi (E-Nabız) Veri Tabanına Entegrasyonu Projesi
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: TÜBİTAK
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2020 – 2023
8. Exploring Nanobody Inhibitory Mechanism against SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Using Molecular Dynamics Simulations, (UC Berkeley – İTÜ İkili İş Birliği)
Proje Görevi: Yürütücü (Co-PI)
Destekleyen Kurum: COVID-19 High Performance Computing Consortium (Amerika Birleşik Devletleri)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2020 – 2021
7. Exploring Binding and Fusion Mechanism of SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Using Molecular Dynamics Simulations, (UC Berkeley – İTÜ İkili İş Birliği)
Proje Görevi: Yürütücü (Co-PI)
Destekleyen Kurum: COVID-19 High Performance Computing Consortium (Amerika Birleşik Devletleri)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2020 – 2021
6. Modelling the Mechanochemical Cycle of Cytoplasmic Dynein Machinery
Proje görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: High Performance Computing Consortium, PRACE (Avrupa Birliği)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2020 – 2021
5. Exploring differences in binding characteristics between HLA-B51 and HLA-B52
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: NVIDIA Hardware Grant Program
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2019 – 2019
4. Siklofilin 40 Enziminin Termodinamik Özelliklerine Mutasyon ve Peptid Bağlanmasının Etkilerinin Modellenmesi
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: İstanbul Teknik Üniversitesi BAP
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2018 – 2019
3. Sitoplazmik Dinein Motor Proteininin Mekanokimyasal Döngüsünün Mekanik ve Enerjetik Açıdan Modellenmesi
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: TÜBİTAK
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2016 – 2019
2. Nörolojik İlaçlara Hedef Olan Hücre Zarı Proteinlerinin İşlevinde Hücre Zarının Etkisi
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA)
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2016 – 2019
1. Nörolojik İlaçlara Hedef Olan Hücre Çeperi Proteinlerinin İşlevsel/Fonksiyonel Mekanizmalarının Modellenmesi ve İncelenmesi
Proje Görevi: Yürütücü
Destekleyen Kurum: TÜBİTAK
Başlangıç-Bitiş Tarihi: 2015 – 2017