Molecular-scale modelling of dynein microtubule bonding and powerstroke

• Yürütücü: Doç. Dr. Mert Gür
• Projeyi Destekleyen Kuruluş: TÜBİTAK 2247-A
• Kısa Özet: Bu proje ile Doç. Dr. Mert Gür, hücre içi kargoları taşımak için mekanik hareket oluşturmak üzere yakıt (ATP molekülü) kullanan, dynein motor proteinleri olarak bilinen nano ölçekli biyolojik motorların fonksiyonel mekanizmaları ve hareketleri hakkında özgün atomik bilgiler sağlamayı amaçlamaktadır. Dynein motor protein fonksiyonundaki anormallikler ve kusurlar, ALS, Alzheimer hastalığı ve Parkinson hastalığı dahil olmak üzere çok sayıda nörodejeneratif hastalık ve bozuklukla ilişkilendirilmiştir. Ayrıca, dynein motor proteininin özgün yapısı ve gelişmiş mekanizması, onu nanoteknolojik uygulamalar için ilginç bir biyo-nano-makine haline getirmektedir. Atom seviyesindeki etki mekanizmalarını anlayan Doç. Dr. Gür, bu motorların hücresel rollerini nasıl yerine getirdikleri hakkında önemli bilgiler vermeyi ve bu motorların nanoteknoloji uygulamalarında kullanımına yeni yollar açmayı amaçlamaktadır.

• Yürütücü: Doç. Dr. Mert Gür
• Projeyi Destekleyen Kuruluş: TUBITAK- National Science Foundation (NSF) Joint Research Program Grant
• Kısa Özet: Proje, tüm atom moleküler dinamik simülasyonları yoluyla siliyer atmayı düzenleyen dynein mekanizmalarını ve dolayısıyla hareketli kirpiklerin kendi kendine koordineli salınımlarının moleküler mekanizmasını aydınlatmayı amaçlamaktadır. Hareketli kirpikler, hücre yüzeyinden kıllar gibi çıkıntı yapan ve periyodik bir vuruş dalga formu oluşturan kırbaç benzeri yapılardır. Kirpiklerin temel yapısal bileşeni, iki merkezi mikrotübülü çevreleyen dokuz dış mikrotübül çiftinden oluşan bir halkaya sahip olan aksonemdir. Dyneinler mikrotübül çiftleri arasında yer alır ve siliyer atımı sağlamaktadır. Siliyer dayak, birçok küçük organizmanın yüzmesini sağlamaktadır. Siliyer atım, bağırsaklarda ve akciğerlerde sıvı akışı oluşturur ve hücre sinyalleşmesine aracılık etmektedir.

Embedding Lattice Structures into Yacht Hulls and Its Hydrodynamic and Structural Optimization

• Yürütücü: Doç. Dr. Erkan Günpınar
• Projeyi Destekleyen Kuruluş: TÜBİTAK (Türkiye)-CNRST (Fas)
• Kısa Özet: Bu proje, kafes yapılar ve hidrodinamik/yapısal optimizasyon ile gömülü bir yat gövdesi geliştirmeyi amaçlamaktadır. Dr. Günpınar'ın araştırma grubu geometrik modellemeden sorumlu olup yat gövdeleri ve bunlara kafes yapıları yerleştirmek için çalışacaktır. Dr. Badr'ın grubu, modellerin genel optimizasyonu için çalışmalar gerçekleştirecektir. Proje, ModiYacht ve ISDO'ya dayanan MYISDO adlı yeni bir yat gövdesi ve optimizasyon çerçevesi geliştirmektedir.

Yeni Bir Yarı-Aktif Manyetoreolojik Sıvı Sütunlu Sönümleyici (MRP-TLCD) ile Deprem Titreşimlerinin Kontrolü

• Yürütücü: Prof Dr Tahsin Engin
• Projeyi Destekleyen Kuruluş: TÜBİTAK 1001 Proje Numarası: 221M148
• Başlama / Bitiş Tarihi: 15/11/2021-15/11/2023
• Kısa Özet: Bu projenin amacı; depremin yapılarda meydana getirdiği riski azaltmak için manyetoreolojik (MR) sıvı ile yarı-aktif olarak kontrol edilebilen, özgün bir sıvı sütunlu sönümleyici (Tuned Liquid Column Damper: TLCD) sisteminin geliştirilmesidir. TLCD’nin yarı-aktif kontrolü literatürde ilk kez, MR sıvı kullanılan bir piston tasarımı ile gerçekleştirilecektir. Çalışma sonucunda; mevcut veya yeni yapılacak yapılara düşük maliyetle kolay uygulanabilir, kesme kuvveti indisinde %30 iyileşme sağlayabilen özgün bir deprem titreşimi sönümleme sistemi geliştirilecektir.

• Yürütücü: Prof. Dr. Levent Trabzon
• Projeyi Destekleyen Kuruluş: TÜBİTAK – MID UZBEKISTAN, Proje Numarası: 221N138
• Başlama / Bitiş Tarihi: 2022-2023